Belowground fungi interact with plants directly as pathogens and mutualists, and indirectly as nutrient cyclers, yet the factors governing fungal community composition are poorly understood. Here I examined root and soil fungi of coffee (Coffea arabica) and eight native species in the coffee family to determine 1.) whether coffee management affects guild structure of fungal communities in coffee roots and 2.) relative importance of microclimate and plant host relatedness in structuring belowground fungal communities of coffee and forest Rubiaceae. Coffee management resulted in differences in the soil environment that were associated with the richness and abundance of several fungal guilds. Soil environment differed between coffee field and forest habitats. Light availability differed by tree species, and the effect of light niche on fungal community composition was indifferentiable from a host effect. These studies elucidate patterns of belowground fungal community composition related to environment and host and could guide coffee management.Los hongos del subsuelo tienen interacciones directas con las plantas como patógenos y mutualistas, e indirectas como cicladores de nutrientes, pero los factores que influencian la composición de las comunidades de hongos son pocos entendidos. Aquí estudio hongos en las raices y los suelos del café (Coffea arabica) y de ocho especies nativas en la familia del café para determinar 1.) si el manejo del café afecta la estructura de cofradías en comunidades de hongos en las raices del café y 2.) la importancia relativa del microclima y la relación filogenética en estructurar comunidades de hongos en el subsuelo en el café y en arboles nativos en la Rubiaceae que crecen en el bosque. Manejo del café creó diferencias en el ambiente del suelo, y estas diferencias fueron relacionadas con la riqueza y abundancia de varias confradías de hongos. Ambiente del suelo se distiguió entre los cafetales y el bosque. Habían niveles diferentes de luz entre especies de árbol, y el efecto de luz en la composición de las comunidades de hongos no se pudo diferenciar con un efecto de la especie de planta. Estes estudios elucidan patrones de la composición de las comunidades de hongos en el subsuelo, como están relacionados con ambiente y planta huésped, y se podrían usar para guiar el manejo del café.